カーネルの設定、もしくはそれを変更すること。特にUNIXの場合は、新しい設定でカーネルを再コンパイルし、それをインストールするという作業を指す。

　当初からソースを公開していないDOS／Windows系のOSでは、カーネルの設定変更はコンフィギュレーションファイルやレジストリなどを書き換えることで行なうのに対し、伝統的にユーザーがソースコードを参照、改変できる場合が多いUNIX系OSでは、カーネルコンフィギュレーションの変更=ソースコードの変更+再コンパイルという手順を踏む。

　ただしSolarisなどの商用UNIXでは、ソースコードが公開されていない代わりに、設定ファイルなどによって、あるいはコンパイル済みのオブジェクトモジュールだけをリンクしてカーネルコンフィギュレーションを変更できるようになっている場合が多い。