従来、マザーボードのサイズには2種類の標準があった。1つはIBM PC/XTで採用されたマザーボードで、ベビーATサイズと呼ばれる。大きさは幅22cm、奥行き30.5cmである。もう1つはIBM PC/ATのマザーボードで、フルサイズと呼ばれる。こちらの大きさは幅30.5cm、奥行き35cmぐらいだ。ベビーATサイズとフルサイズでは、ネジ穴や拡張スロット、キーボードコネクタの位置はほぼ同じである。ただ、ほとんどの場合フルサイズのマザーボードはミニタワーのケースには入らないので注意が必要だ。これら2つの標準に加えて、最近、ベビーATサイズの奥行きだけを短くしたマザーボードをよく見かけるようになってきた。これはVL-Busのコネクタがぎりぎり収まる大きさで、ほぼA4と同じサイズである。決まった呼称はないようで、ものによってサイズも微妙に違う。なお、大手メーカのPCは、ケースの小型化などで差別化を図っていることがあり、マザーボードの外形やねじ穴の位置などが標準とは違っている場合がある。